持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小陈源带着苏云和卫剑豹、卫凤瑶走到夏草近前的时候，夏草瞥了一眼陈源爪下的卫剑豹出血的肩胛骨，很平静地问。陈源微微勾起嘴角，算是露出了一丝微笑，微微点头。光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开……
