2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时空,找到开启传送门的钥匙,阻止朗格,恢复世界和平。李奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命,他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头,并和忍者神龟李奥纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳太罗汇合,开启了拯救世界的行动。“我们的未来,我们自己做主”忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。卫剑雄略一沉吟,就挥手让身后的众人让开了一条路,不仅是因为他已经放弃对付陈源的心思,还因为他知道这个时候即便再废话一个小时,陈源也不会就在这里把他三妹卫凤瑶和四弟卫剑豹放了。