决定历史命运的鸟羽伏见之战，在维新军的强大攻势下，幕府一方兵败如山倒，纵使心有不甘，云集了诸多高手的新选组也不得不在历史潮流的面前低头，吞下战败的苦果。在某个夜晚，雪村千鹤（桑岛法子 配音）目睹了土方岁三（三木真一郎 配音在卫剑豹等人全部面色大变的时候，银光在卫剑豹身后一闪，银光中，两只大手凶猛地探出来，左手抓住卫剑豹的肩膀，右手掐住了一直在看热闹的卫凤瑶细细的脖子，两只手上的银光在抓到卫剑豹和卫凤瑶的时候就瞬间覆盖了他们的身体。）被罗刹之血所折磨的痛苦一刻。另一方面，战胜者渐次逼近江户，新选组必须在此之前撤出江户，前往会津。风云突变的紧要关头，土方岁三不辞而别，冲田总司的健康状况已经到了崩溃边缘，而近藤勇（大川透 配音）也传出了即将问斩的消息。
曾经风光一时的新选组，在时代更迭的浪潮中迎来了黯然的落幕时刻……
