第二部剧场版动画

人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，这个念头在陈源刚上车看见樱桃坐在卫剑豹右边的时候就突然在脑袋里蹦了出来，只见陈源眉头微微皱了一下，突然，毫无征兆的，他按着卫剑豹后脑勺的右手突然绷直成掌，又疾又重地斩在卫剑豹的颈动脉上。各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……