上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女陈源没有着急，目光在手里卫剑豹和卫凤瑶身上转了两次，忽然右手把卫凤瑶往卫剑雄等人那里一推，差点把卫凤瑶推倒在地上，但相比于之前一直被他掐着脖子，这下虽然差点就被推摔倒了，但卫凤瑶却惊喜起来，又哭又笑地扑进她二姐卫凤娇的怀里，哇哇地大哭起来了。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
